10月23日，清华大学、北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学、中国科学院北京基因组研究所联合在《国家科学评论》发文，通过分析相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列，结合全面的流行病学调查和大数据分析，研究人员揭示，该疫情中病毒源头极有可能是境外疫情高发区的冷链进口食品，并提出，冷链运输或为新冠病毒传播新途径。
论文电子版截图
2020年6月11日，1例新冠病毒感染患者突现，打破了北京连续56天无新增病例的平静。该患者马上就被收治，病情也很快得到控制，但是他从何处感染了病毒，却成了一个谜。
结合指示病例的流行病学调查和大数据分析，通过对其所到地区和接触人员的排查，本市继而发现，2份来自北京新发地市场的环境样本呈现新冠病毒核酸阳性。随后，新发地市场538名员工接受病毒核酸筛查，又有45人呈阳性。新发地市场随即成为关注的焦点，北京市有关部门果断对该市场采取关闭措施，以有力遏止疫情的蔓延。
6月中旬，北京进一步推进核酸筛查，共发现368人新冠病毒核酸阳性。这些感染者均与新发地市场有直接或者间接关联：其中169人是新发地市场的工作人员，103人于5月30日至6月12日期间去过新发地市场，其余96人均为上述人员的接触者。未发现独立于该市场的早期传播链或独立传播链，提示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头。
新发地综合交易大厅负一层（牛羊肉厅）感染工作人员分布。
结合新发地市场流行病学调查，研究人员初步确定综合交易大厅地下一层（牛羊肉大厅）水产区S14号摊位可能是感染的源头：S14号摊位的7位工作人员均为新冠确诊病例，且症状出现时间相对较早。根据流行病学模型推断的疫情开始时间范围内，共有5位顾客新冠抗体检测阳性，且这5位顾客都到访过S14号摊位。这5位顾客及其密切接触者在过去14天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员，进一步提示疫情是由新发地市场向外传播。
新发地市场聚集性疫情中的病例和环境样本中获得病毒基因组序列分析表明其病毒序列具有明显的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不相同，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。
研究团队进一步利用自主开发的低病毒载量样品处理方法，对110个病例和环境样本进行了高通量核酸测序，共获得了72条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现，这些序列均具有8个特征性突变位点，这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T突变位点之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示本次疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。
新发地疫情中的病例和环境样本中获得病毒基因组序列分析表明其病毒序列具有明显的突变特征，和我国之前所发现的本土及输入病例均不相同，揭示该次疫情应为单一性的境外输入。
综合上述结果，同时确认S14号摊位的工作人员未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者，且5月至6月初期北京也无报告新增感染病例，提示病毒极可能来源于境外输入。进一步调查显示，S14号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是唯一来自境外的商品，且摊主曾于5月30日从某供应商处采买过从存在新冠病毒疫情国家进口、包装完整的三文鱼，在市场内切割处理后零售。为此，研究人员对新发地市场内所有三文鱼供应商的冷库进行了采样检测，发现某供应商有5份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性，其中1份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源。
因未能从鱼体上分离获得活病毒，因此尚无法证明鱼体上的病毒活力。但是将高质量病毒基因组序列特征分析与流行病学调查结合，提示来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有可能为本次新发地市场聚集性疫情病毒源头。在文章发表过程中，中国疾控中心报告从青岛获取的冷链食品中分离出新冠病毒，进一步提示冷链食品可能是新冠病毒传播的重要途径。研究对于揭示北京新发地市场聚集性疫情的病毒来源提供了重要证据，为优化疫情常态化防控策略提供了重要依据。
研究中，多家机构开展精诚合作。其中，北京市疾病预防控制中心新冠病毒肺炎防控和检测组参与完成现场调查、样本采集和核酸筛查。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟、任丽丽研究团队在P3实验室完成了样品的核酸测序前处理流程。清华大学王建斌课题组与北京大学黄岩谊课题组发展的快速基因组测序样品处理方法为本次疫情关键样品的准确快速病毒测序提供了技术基础和实验支持。中国科学院北京基因组研究所李明锟课题组完成了对关键样品序列的分析。
北京市疾病预防控制中心主任医师庞星火、主管医师吴双胜，中国医学科学院病原生物学研究所研究员任丽丽和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文共同第一作者。
